Dne 1. září 1960 byl na základě konkurzu přijat na Vysokou školu zemědělskou v Brně, (dnešní Mendelova Univerzita) kde působil nejdříve jako odborný asistent na katedře zoologie, později na katedře zemědělské entomologie a fytopatologie.

Během své pedagogické činnosti dovedl k úspěšnému dokončení a obhájení diplomové práce více než stovku studentů. Přednášel na odborných konferencích i v zahraničí (např. ve Francii). V roce 1968 byl jmenován kandidátem věd a 1. dubna 1979 byl jmenován docentem pro obor zemědělská entomologie. Jeho habilitační práce se jmenovala „Živočichové jako strukturální a funkční složka geobiocénu v rámci zemědělských typů a podtypů“. Do důchodu odešel v roce 1992.

Již od gymnaziálních let se velmi intenzivně zajímal o přírodu, hlavně o poznání vzájemných souvislostí mezi jednotlivými složkami lesa. Tato problematika ho zajímala po celý život a jejímu výzkumu věnoval veškerý svůj volný čas.

Po skončení vysokoškolského studia na Lesnické fakultě v Brně založil trvalé výzkumné plochy v různých skupinách lesních typů a jim příslušných vegetačních stupňů. Cílem práce bylo poznání ekologie a struktury vybraných skupin rostlin a živočichů ve vztahu k typologickým jednotkám, dále poznání přirozené obnovy lesa a jeho biologické ochrany. Zaměřil se na poznání ekologicko-cenologické problematiky živočichů a později i rostlin jako trvalé složky všech biocenóz.  Pokračoval ve vědecké práci v pojetí prof. A. Zlatníka.

Byl řešitelem mnoha výzkumných úkolů a podílel se ve vedení dvou mezinárodních úkolů UNESCO: IBP – International Biological Programme  a MAB – Man and the Biosphere.

Publikační činnost docenta Bauera byla v poslední době zaměřena hlavně na vliv změn regionálního klimatu na složky lužního lesa. Materiál pro svou publikační činnost získával z mnoha trvalých výzkumných ploch založených podél celé řeky Moravy, některých jejích přítoků a dalších zajímavých lokalit na Moravě. Jeho publikované práce jsou stylisticky dokonalé. Při psaní vždy dbal na to, aby textu porozuměl každý čtenář. Všechny jeho publikované informace jsou korektní, vždy vícekrát ověřené a zkontrolované podle poznámek, herbářových materiálu a klimatologických dat. Všechny jeho články posledních let vznikaly bez grantů či jiných finančních podpor.

I v důchodu vyjížděl za každého počasí na výzkumné plochy za fenologickým pozorováním. Celkem se jednalo o 17 lokalit na severní a jižní Moravě (3 lokalita na Pavlovských vrších, dále Lanžhot, Lednice, Vranovice, 2 lokality v Boleradicích, Chřiby, Horka, Oskava, Sobotín, Polanka, Dolní Morava, Františkova myslivna v Jeseníkách, Brno, Hluboké Mašůvky). Pozoroval i dvě srovnávací lokality v Itálii, kam dojížděl za dcerou.

Výzkum z převážné části financoval z vlastních rodinných prostředků. V činnosti mu byla velkou oporou jeho manželka Jana, která mu velmi intenzívně pomáhala při zpracování dat a psaní odborných článků. Do terénu brával s sebou i své dvě dcery, pokud byly ještě malé. Na rodinné chalupě v Hlubokých Mašůvkách nedaleko Znojma trávil s rodinou volný čas a také zde zpracovával fenologická pozorování a připravil mnoho svých článků.

Jeho fenologická pozorování jsou navíc vždy podložena herbářem a rozsáhlou fotodokumentací. Jedná se velmi unikátní materiál, který nemá obdoby ve fenologii České republiky (jeden člověk – jedny oči – většinou stejný strom či keř – neporušená časová řada pozorování – velmi široký záběr).

Napsal přibližně 200 článků, které byly uveřejněny v časopisech Vesmír, Živa, Zoologické listy, Naší přírodou, Veronika, v posledních letech především v Meteorologických Zprávách (viz přehled publikací).  Byl spoluautorem několika vědeckých sborníků. V roce 2009 přispěl studií „Changing climate and the phenological response of great tit and collared flycatcher populations in floodplain forest ecosystems in Central Europe“ do mezinárodního časopisu Int. Journal of Biometeorology.

Docent Bauer byl mimořádnou vědeckou osobností nejen české fenologie. Ve své činnosti se neomezoval pouze na jeden rostlinný druh, ale sledoval široký soubor biologických objektů a hledal vzájemné vazby mezi nimi, v jejich okolí a ve vztahu ke klimatu.

Více než šedesát let sledoval bionomii brhlíka lesního, sýkory modřinky, sýkory koňadry, lejska bělokrkého, drozda zpěvného, vrabce polního, kavky obecné, šoupálka dlouhoprstého, strakapouda prostředního, žluny zelené, pěnice černohlavé. U bylin to byly fenofáze sasanky pryskyřníkovité, vraního oka čtyřlistého, česneku medvědího, sněženky podsněžník, sasanky hajní, prvosenky vyšší, plícníku lékařského, dymnivky duté, křivatce žlutého, orseje jarního, blatouchu bahenního, zapalice žluťuchovité, kostivalu lékařského, pryskyřníku plazivého, konvalinky vonné, violky lesní, hluchavky skvrnité, zběhovce plazivého, hrachoru jarního, kakostu smrdutého. Fenologické projevy stromů a keřů pozoroval hlavně u druhů javor babyka, jilm vaz, habr obecný, lípa srdčitá, hloh jednosemenný, svída krvavá, dub letní, jasan ztepilý, jasan úzkolistý, lípa malolistá, brslen evropský, kalina obecná, střemcha obecná, hloh obecný, bez černý, meruňka, třešeň raná, hrušeň a jabloň. Při pozorováních zaznamenával také fenofáze některých druhů hmyzu, jako např. komárů z rodu Anopheles, ale také žluťáska řešetlákového nebo čmeláka zemního.

Až při vyhodnocování třicetiletého období (1967–1996) zjistil vztah mezi průběhem fenofází sledovaných rostlinných a živočišných druhů a vývojem klimatu. Jako první u nás popsal projevy klimatické změny ve vývoji bioty a habitu rostlin a to na základě vlastních pozorování. Prokázal, že fenologická pozorování nejsou samoúčelná, že mají co říci nejen odborníkům v biologii a příslušných aplikovaných oborech, ale že mají velký význam i pro klimatologii.

Vzhledem k rozsahu napozorovaného materiálu docent Bauer za svého života nestihl značnou část vědeckých podkladů zpracovat a publikovat. Nyní je na nás, kdo jsme s ním úzce spolupracovali a měli ho rádi, jeho dílo dokončit a šířit dál celoživotní úsilí spojené s jeho jménem!

Čest jeho památce, a děkujeme, pane Bauere.