Prvního ledna 1980 byla v rámci nové koncepce ústavu společně s pobočkami České  Budějovice, Plzeň, a Hradec Králové zřízena i pobočka Praha. Zatímco tři prvně jmenované pobočky byly pokračováním pracovišť KPVIS (krajská povodňová výstražná a informační služba), pobočka Praha vznikla jako zcela nový útvar. Nová koncepce spočívala v naprosto odlišném dělení útvarů. Na místo dělení oborového bylo založeno na základě rozdílného způsobu poskytování informací na útvary režimové, operativní a staniční sítě. Pobočky byly zřízeny ve všech tehdejších krajských městech, ale místní působnost nebyla určena krajskými hranicemi, ale podle jednotlivých povodí. Území pobočky Praha se skládalo z povodí Labe od Nymburku po Mělník, povodí Jizery, povodí Vltavy od Orlíku, povodí Sázavy a povodí Berounky od soutoku s Rakovnickým potokem. Mimo to měla pobočka z hlediska hydrologie ve své správě i vlastní tok Labe od Mělníku po státní hranice. Pobočka Praha, která byla umístěna do prostor bývalé hydrologie v tak zvaném domečku na smíchovském břehu Vltavy pod Jiráskovým mostem s adresou Praha 5, Nábřežní 4, se skládala ze tří oddělení. Oddělení staniční sítě, režimových informaci a materiálně technického zajištění. Jako jediná z poboček neměla oddělení operativních informací. Tuto činnost zajišťoval odbor operativních informací sídlící v Komořanech. Hydrologická předpověď sídlila zpočátku ještě v domečku. Do oddělení staniční sítě patřily mimo jiné i profesionální meteorologické stanice. Zpočátku zajišťovala pobočka Praha za pobočky České Budějovice, Plzeň a Hradec Králové správu staniční sítě i režimové informace a postupně jim tyto činnosti předávala. Před zřízením AIM (automatický imisní monitoring) měřila pobočka na vybraných dvojicích míst v Praze a nejbližším okolí znečištění ovzduší s ohledem na dopravní provoz.
Veškerou tuto činnost mělo v roce 1980 na starost celkem 80 pracovníků a cca 1500 dobrovolných pozorovatelů. Při rozdělování zaměstnanců na jednotlivá pracoviště koncem roku 1979 se nelze ubránit dojmu, že na pobočku byli ve finále při děleni pracovníci v předdůchodovém věku, maminky s malými dětmi, případně nezkušení začátečníci. Další problém spočíval v ukončení spolupráce s výpočetním střediskem v Ústí nad Orlicí. Než se podařilo plně nahradit jeho činnost, bylo třeba v oboru klimatologie veškeré výstupy zpracovat ručně. Přesto pobočka zvládala své úkoly a bez větších problémů postupně předávala jednotlivé činnosti na příslušné pobočky. V polovině osmdesátých let sílil tlak VRV na Český hydrometeorologický ústav na uvolnění budovy na Nábřežní 4, a tak se nejdřív na pracoviště v Modřanech u nádraží přesídlila pracoviště staniční síť podzemních vod s čistotou ovzduší. V prosinci 1988 se zbytek pobočky přestěhoval do nově postavené budovy BRI v Komořanech, kde sídlí dodnes. V roce 1990 po reorganizaci nastoupil na pobočku jako vedoucí oddělení hydrologie bývalý ředitel ČHMÚ Ing. Richter, který byl až do svého odchodu do důchodu vzhledem ke svým zkušenostem a znalostem především v investiční politice platným členem vedení pobočky.
Kromě běžné činnosti se na pobočce s nástupem mobilních datových technologií začalo s testováním přenosu dat ze sítě automatických stanic. Technologie GPRS (General Packet Radio Service) nahradila dosud drahé spojení přes pevné telefonní linky a po úspěšném odladění byla postupně rozšířena na všechny automatizované stanice včetně profesionálních.
Od této doby je možné sledovat aktuální klimatologická data téměř on-line. Data ze stanic jsou stahována v intervalu 10 minut a ihned se automaticky importují do databáze Clidata a zároveň jsou k dispozici i na webu ČHMÚ v podobě populárních grafů. Pobočka se také podílí na zavádění nových hydrologických přístrojů do ČHMÚ a projektech do OPŽP (Operační program Životního prostředí) a posléze na budování a modernizaci měřících stanic, nákupu nových přístrojů do stanic a přístrojů na měření průtoků.
V současné době má pobočka 20 zaměstnanců. Vzhledem k tomu, že předala správu profesionální sítě a má zajištěnou činnost týkající se správy budov, předpovědní službu a kvalitu ovzduší centrálními útvary, dělí se na vedení pobočky (4 pracovníci), oddělení meteorologie a klimatologie (6) oddělení hydrologie (10). Snižování stavu s postupným předáváním činností se vedoucí pracovníci pobočky snažili vždy dělat citlivě, především tím, že se rušila místa zároveň s odchodem pracovníků do důchodu. Za celou dobu existence pobočky se vystřídali ve vedení celkem 4 vedoucí, ředitelé pobočky: od začátku roku 1980 do roku 1989 Ing. Jiří Nekovář, CSc., Ing Jan Vašátko (1989 až 1999), RNDr. Luboš Němec (1999 až 2004) a Ing. Daniel Kurka (od 2005 dosud).

Luboš Němec, MZ 2020/1

Současný a bývalí ředitelé pobočky Praha. Zleva: Ing. Daniel Kurka, RNDr. Luboš Němec, Ing Jan Vašátko, Ing. Jiří Nekovář, CSc.